WinSCP não esta mostrando arquivos .htaccess?
Há a opção “Mostrar arquivos ocultos” habilitada?
Por padrão, WinSCP vem com o opção “mostrar arquivos ocultos” desativada.
Para ativar esta opção para ver arquivos ocultos, pressione: (Ctrl + Alt + H) ou:
No Menu, clique em:
Preferences > Panels > Show hidden files
Conforme imagem abaixo
Marque a opção “Show hidden files” e clique em “OK“.